O Departamento de Biologia teve origem no Sector de Biologia da Universidade de Aveiro, nascido com a contratação dos primeiros docentes em 1974. No ano seguinte, foi iniciada a leccionação dos cursos de Bacharelato em Ciências do Ambiente e em Ciências da Natureza (formação de professores), os quais viriam a ser extintos, dando lugar aos cursos de Licenciatura em Engenharia do Ambiente e em Ensino de Biologia e Geologia, que começaram a ser leccionados em 1978. Aquando da criação do Departamento de Ambiente, em 1979, este passou a ser responsável pela Licenciatura em Engenharia do Ambiente, tendo o Departamento de Biologia continuado a leccionar a este curso diversas disciplinas da área da Biologia. Em 1980 foi criado o curso de Licenciatura em Biologia, o qual viria a iniciar-se no ano seguinte. Com a abertura de novos cursos na Universidade, ainda na década de 80, o Departamento de Biologia continuou a diversificar a sua actividade de ensino, assegurando a leccionação de várias disciplinas para os cursos de Licenciatura em Planeamento Regional e Urbano e de Licenciatura em Química (ramos de Química Analítica e Bioquímica e Química Alimentar) e para os cursos de Bacharelato em Formação de Educadores de Infância e em Formação de Professores do Ensino Primário.
A década de 90 foi marcada pelo início da leccionação a nível de Mestrado. O curso de Mestrado em Ciências das Zonas Costeiras, presentemente na sua 4ª edição, foi leccionado pela primeira vez em 1991. O curso de Mestrado em Ensino de Geologia e Biologia teve início em 1996 e, no mesmo ano, foi criado o curso de Mestrado em Microbiologia Molecular.
De início principalmente vocacionado para actividades de Ensino, Investigação e Extensão em áreas da Biologia Ambiental, abre-se, agora, um novo ciclo para o Departamento de Biologia, com a consolidação de novas áreas nos domínios da Biologia Molecular e Celular.