Uma formação de 2º ciclo deve ter uma muito forte componente prática. Aposta-se numa forte componente teórico-prática e prática que permita aos alunos aprofundar conhecimentos e adquirir treino laboratorial nas metodologias modernas de Biologia Molecular e Celular. Embora não se excluam aulas teóricas tradicionais, mais de 80% das disciplinas têm um cariz teórico-prático e prático, podendo o ensino ser ministrado na forma de análise de problemas ou de estudos de caso. Esta metodologia é propiciada pelo carácter obrigatório das aulas teórico-práticas e das aulas práticas, sendo também facilitada pelo redução do número de estudantes por turma, que em ensino de segundo ciclo não deverá ultrapassar os 15 estudantes.  A existência de disciplinas específicas de laboratório permite ao formando adquirir e/ou aperfeiçoar as competências necessárias para a área específica de conhecimento. As disciplinas de seminário têm como objectivo básico treinar o estudante nas várias técnicas de apresentação e comunicação da ciência, através de apresentações orais obrigatórias do seu trabalho no simpósio de pós-graduação e de apresentações em simpósios ou congressos, na forma oral ou de painéis. Haverá, também, uma componente de ensino à distância, em todas as disciplinas.